บสท. ได้ตระหนักถึงความสำคัญในการนำการบริหารความเสี่ยงมาใช้เป็นเครื่องมือในการบริหารจัดการองค์กร โดยการนำหลักการบริหารความเสี่ยงองค์กร (Enterprise Risk Management : ERM) ตามแนวทางการบริหารความเสี่ยงตามกรอบของ The Committee of Sponsoring Organizations of the Treadway Commission หรือ COSO ซึ่งเป็นมาตรฐานสากล มาใช้เป็นกรอบในการบริหารความเสี่ยง และจัดการความเสี่ยงภายในองค์กร โดยได้พัฒนาการเชื่อมโยงกระบวนการบริหารความเสี่ยงองค์กรเข้ากับแผนกลยุทธ์ เพื่อให้องค์กรสามารถบรรลุเป้าหมายตามพันธกิจที่กำหนดไว้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยการบริหารความเสี่ยงตามพันธกิจหลักของ บสท. (Mission) ได้มีการวิเคราะห์ปัจจัยเสี่ยงที่อาจส่งผลให้ บสท. ไม่สามารถบรรลุเป้าหมายหรือวัตถุประสงค์หลักขององค์กร (Corporate Risk) เพื่อให้มั่นใจว่า บสท. จะสามารถปฏิบัติภารกิจตามที่กำหนดใน พ.ร.ก. บสท. พ.ศ. 2544 ได้ครบถ้วนและแล้วเสร็จภายในระยะเวลาที่กฎหมายกำหนดให้ต้องยุบเลิก บสท. เมื่อสิ้นปีที่สิบ

การบริหารความเสี่ยงทั่วทั้งองค์กร (Enterprise Risk Management : ERM) ซึ่งเป็นกระบวนการที่ส่งเสริมให้บุคลากรทั่วทั้งองค์กรได้มีส่วนร่วมในการคิด วิเคราะห์ และคาดการณ์ถึงเหตุการณ์หรือความเสี่ยงที่อาจจะเกิดขึ้น รวมทั้งการระบุแนวทางในการจัดการกับความเสี่ยงให้อยู่ในระดับที่เหมาะสมหรือยอมรับได้ เพื่อช่วยให้องค์กรสามารถบรรลุวัตถุประสงค์ที่ต้องการ มีการระบุระดับความเสียหายที่อาจจะเกิดขึ้นจากความเสี่ยงแต่ละประเภทตามการวิเคราะห์โอกาสที่จะเกิดความเสี่ยง (Likelihood) และผลกระทบ (Impact) ของความเสี่ยงนั้น และมีการจัดลำดับความเสี่ยงจากผลการวิเคราะห์ความเสียหายข้างต้น พร้อมทั้งมีการกำหนดระดับความเสี่ยงที่ยอมรับได้ (Risk Appetite) และช่วงเบี่ยงเบนของระดับความเสี่ยงที่ยอมรับได้ (Risk Tolerance) รวมทั้ง มีการกำหนดและคัดเลือกวิธีในการจัดการความเสี่ยง (Risk Treatment) โดยพิจารณาถึงผลกระทบและโอกาสที่จะเกิดความเสี่ยง และระดับความเสี่ยงที่ยอมรับได้ของความเสี่ยงที่ยังเหลืออยู่ (Residual Risk) ของ บสท. ทั้งนี้ ในการบริหารความเสี่ยงตามแนวทางดังกล่าวจะมีการวิเคราะห์และพิจารณาความสัมพันธ์ของความเสี่ยงและผลกระทบที่มีต่อหน่วยงานต่างๆ ภายในองค์กร (Risk Map) เพื่อให้สามารถจัดการความเสี่ยงที่ต้นเหตุได้อย่างถูกต้อง

นอกจากนี้ บสท. ยังได้มีการฝึกอบรมและให้ความรู้เกี่ยวกับการบริหารความเสี่ยงให้กับพนักงานทุกระดับขององค์กรอย่างต่อเนื่อง เพื่อให้พนักงานทุกระดับในองค์กรตระหนักถึงความสำคัญของการบริหารความเสี่ยงเพื่อช่วยให้สามารถบรรลุตามเป้าหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพ พร้อมกันนี้ได้จัดทำนโยบายและคู่มือการบริหารความเสี่ยง เพื่อให้มีความเข้าใจตรงกันในคำนิยาม เป้าหมาย วัตถุประสงค์ เพื่อให้สามารถปฏิบัติตามแนวทางที่เป็นมาตรฐานเดียวกันทั่วทั้งองค์กร

การบริหารความเสี่ยงมีโครงสร้างที่ประกอบด้วยคณะกรรมการชุดต่าง ๆ ได้แก่ คณะกรรมการ บสท. คณะอนุกรรมการบริหารความเสี่ยง และคณะผู้บริหารระดับสูง

การบริหารความเสี่ยงของ บสท. ได้จำแนกความเสี่ยงเป็น 5 ประเภท ตามแนวทางของ COSO (Committee of Sponsoring Organizations of the Treadway Commission) ซึ่งเป็นมาตรฐานสากล ดังนี้

โดยมีขอบเขตการบริหารความเสี่ยง ดังนี้

1. ความเสี่ยงด้านกลยุทธ์ (Strategic Risk) จะครอบคลุมความเสี่ยงใน 2 ประเด็นหลัก คือ ความเสี่ยงจากการที่ บสท. อาจมีเงินไม่เพียงพอที่จะไถ่ถอนตั๋วสัญญาใช้เงินคงเหลือเมื่อสิ้นปีที่ 10 และความเสี่ยงจากการที่ บสท. อาจไม่สามารถยุบเลิกองค์กรได้ภายในระยะเวลาที่กำหนดไว้ใน พ.ร.ก. บสท. พ.ศ. 2544 โดยในส่วนของความเสี่ยงในประเด็นแรกนั้น บสท. จะต้องบริหารจัดการและดูแลให้ลูกหนี้ที่ปรับโครงสร้างหนี้แล้ว ให้สามารถชำระหนี้ได้ตามแผนการชำระหนี้ที่ได้รับอนุมัติ ตลอดจนจำหน่ายทรัพย์สินรอการขายให้ได้ตามเป้าหมายที่กำหนด โดยต้องบริหารเงินที่เรียกเก็บได้หรือเงินที่ได้จากการขายทรัพย์สินรอการขาย มิให้เบี่ยงเบนจากแผนงานประจำปี ตลอดจนจะต้องสามารถบริหารการจำหน่ายลูกหนี้ที่ปรับโครงสร้างหนี้ และทรัพย์สินรอการขายคงเหลือในปีที่ 10 ให้ได้ราคาในระดับที่เอื้ออำนวยให้ บสท. มีเงินเพียงพอที่จะชำระตั๋วสัญญาใช้เงินคงค้างได้
ในส่วนของความเสี่ยงที่ บสท. อาจไม่สามารถยุบเลิกองค์กรได้ภายในเวลาที่กำหนด ส่วนใหญ่จะเป็นความเสี่ยงที่เกิดจากธุรกรรมที่ไม่ใช่เป้าหมายทางการเงิน เช่น ความเสี่ยงจากการที่ บสท. อาจมีผู้บริหารหลักและพนักงานในตำแหน่งหลักไม่เพียงพอที่จะรองรับการปฏิบัติงานตามแผนยุบเลิก ซึ่งเป็นเรื่องที่สำคัญและจำเป็นต้องมีการวางแผนในการบริหารกำลังคนและการวิเคราะห์อัตรากำลังอย่างเหมาะสมและต่อเนื่อง นอกจากนี้ บสท. ยังมีความเสี่ยงที่อาจส่งผลให้ไม่สามารถยุบเลิกองค์กรในด้านอื่นอีก เช่น การบริหารเอกสารสำคัญ ทรัพย์สินและอาคารสถานที่ เป็นต้น ซึ่งในการบริหารความเสี่ยงดังกล่าว จำเป็นต้องมีการจัดทำแผนปฏิบัติการ (Action Plan) ที่มีคุณภาพ โดยต้องมีการระบุกิจกรรมที่ต้องดำเนินการโดยละเอียด มีการกำหนดผู้รับผิดชอบในการดำเนินการตามแผนและระยะเวลาแล้วเสร็จที่ชัดเจน รวมทั้งจัดให้มีระบบในการควบคุม ติดตามและรายงานผลการดำเนินงานที่มีประสิทธิภาพ เพื่อให้มั่นใจว่ากิจกรรมที่สำคัญทุกด้านที่กำหนดไว้ในแผนยุบเลิก ได้มีการดำเนินการตามแนวทางที่กำหนด และแล้วเสร็จในเวลาที่สอดคล้องกับการดำเนินการของธุรกรรมที่เกี่ยวเนื่องได้อย่างถูกต้องครบถ้วน เหมาะสม

2. ความเสี่ยงด้านปฏิบัติการ (Operational Risk) เป็นความเสี่ยงที่อาจส่งผลกระทบให้ บสท. ไม่สามารถดำเนินการตามพันธกิจหลัก (mission) ขององค์กรได้อย่างถูกต้องครบถ้วน โดยเฉพาะการปฏิบัติตามพันธกิจในเรื่องที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่ที่ บสท. ต้องดำเนินการ เช่น ความเสี่ยงจากการขาดเอกสารสิทธิ์เพื่อใช้ในการดำเนินธุรกรรมที่สำคัญ เช่น การบังคับหลักประกันตามมาตรา 76 แห่ง พ.ร.ก. บสท. พ.ศ. 2544 และการไถ่ถอน ปลดปลอดจำนองทรัพย์หลักประกันให้แก่ลูกหนี้ และหรือผู้ค้ำประกัน เป็นต้น
นอกจากนี้ บสท. ยังอาจมีความเสี่ยงที่สืบเนื่องจากที่ทรัพย์สินรอการขายที่รับโอนมาจากการบังคับหลักประกันถูกรอนสิทธิ์ ครอบครองหรือใช้ประโยชน์โดยบุคคลภายนอก ซึ่งต้องใช้เวลาในการดำเนินการตามกฎหมายและเป็นอุปสรรคในการจำหน่ายทรัพย์สินรอการขายดังกล่าว

3. ความเสี่ยงด้านการเงิน (Financial Risk) เป็นความเสี่ยงที่อาจส่งผลกระทบให้ บสท. ไม่สามารถที่จะเรียกเก็บเงินจากลูกหนี้ที่ปรับโครงสร้างหนี้ได้ตามแผนที่ได้รับอนุมัติแล้ว อันอาจสืบเนื่องจากการที่มิได้จัดให้มีระบบเตือนภัยล่วงหน้า (Early Warning System) ในการวิเคราะห์ติดตามดูแลลูกหนี้อย่างต่อเนื่อง หรืออาจจัดให้มีระบบดังกล่าว แต่มิได้มีการนำผลการวิเคราะห์มาใช้ในการติดตามให้ลูกหนี้ชำระหนี้อย่างมีประสิทธิภาพ ส่งผลให้ลูกหนี้ผิดนัดชำระหนี้ นอกจากนี้ ทรัพย์สินรอการขายของ บสท. อาจมีการด้อยค่าหรือเสื่อมราคาเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงราคาของทรัพย์สินรอการขายในตลาดอสังหาริมทรัพย์ จึงจำเป็นที่ บสท. จะต้องจัดให้มีระบบในการวิเคราะห์ปัจจัยภายนอกที่อาจส่งผลกระทบให้ทรัพย์สินรอการขายของ บสท. มีการด้อยค่าหรือเสื่อมราคา ตลอดจนมีการดูแลทรัพย์สินรอการขายในความดูแลอย่างใกล้ชิด และได้นำผลการวิเคราะห์ดังกล่าวมาใช้ประกอบในการประเมินมูลค่าทรัพย์อย่างต่อเนื่อง

4. ความเสี่ยงด้านการปฏิบัติตามระเบียบและกฎหมาย (Compliance Risk and Legal Risk) ในการดำเนินงานของ บสท. จะมีความเชื่อมโยงกับผู้มีส่วนได้เสียหลายส่วน เช่น ลูกหนี้และหรือผู้ค้ำประกัน สถาบันการเงินที่โอนทรัพย์สินด้อยคุณภาพให้ บสท. บริหารจัดการ พนักงานและหน่วยงาน ราชการที่เกี่ยวข้อง เป็นต้น ในทางปฏิบัติจึงอาจมีการดำเนินงานใด ๆ ที่ส่งผลกระทบต่อสิทธิประโยชน์ของผู้ที่มีส่วนได้เสียดังกล่าว และอาจนำไปสู่การฟ้องร้องดำเนินคดีทั้งทางแพ่งและทางอาญากับ บสท.ได้

5. ความเสี่ยงด้านเหตุการณ์ (Event Risk) บสท. ได้จัดเตรียมมาตรการรองรับ กรณีเกิดเหตุฉุกเฉินที่อาจจะส่งผลให้การดำเนินงานต้องหยุดชะงักหรือไม่สามารถดำเนินงานได้อย่างต่อเนื่อง โดยการแต่งตั้งคณะทำงานกรณีเกิดเหตุวินาศภัย เพื่อรับผิดชอบในการจัดทำแผนกู้คืนระบบเมื่อเกิดภัยพิบัติ (Disaster Recovery Plan - DRP) และได้มีการลงนามในสัญญาใช้สถานที่ปฏิบัติงานสำรองและศูนย์คอมพิวเตอร์สำรองกับบริษัทเอกชนรายหนึ่งซึ่งให้บริการดังกล่าว ตลอดจนได้มีการทดสอบแผนการกู้คืนระบบงานคอมพิวเตอร์ และทดสอบการจำลอง (Simulation) การปฏิบัติงานจริงที่ศูนย์คอมพิวเตอร์สำรอง โดยผู้ที่มีหน้าที่ต้องปฏิบัติงานที่ได้รับมอบหมายแล้ว ทั้งนี้ บสท. มีแผนงานที่จะทำการทดสอบแผนกู้คืนระบบเมื่อเกิดภัยพิบัติดังกล่าวเป็นประจำทุกปี